priv_functions.R => commentaire fonction duppliqué

modification du script pour figure de rapport pour ajouter tout les graph liée a la lecture des fichier masschroq

correctino selection isotope qui correspondanit pas a ce que j'avais ecrit dans le rapport. J'en ai profiter pour mettre une version optimiser pour data.table

 correction cutoff rentrée en dur pour les cmcq.pepq.masschroq on perds beaucoup de données il faudrait quand meme verifier

fin de lanceur ok, reste deux fonction a adapter (summary pour cmcq.pepq.ratio.with.ref et mcq.get.dataframe

continuation lanceur phospho quasi terminer reste la nomrlaisation, le selection des ratio repetable et la selection des peptides modifié

legere modification pour ajouter des petits tunings de comportement, facon d'ecrire les acides aminées, et ajoyut d'un argument pour gerer les differences version xtandempipeline

correction de la methode pour fonctionner avec les nouveau objet et homogeneiser les variables par rapport à mcq.select.peptide.with.modification

MCQR/R/mcq_plot_rt_diff_label.R => correction bug car encore sur ancienne version avec object cmcq.pepq.sds
MCQR/R/mcq_plot_peptide_per_track.R  => correction bug car encore sur ancienne version avec object cmcq.pepq.sds
MCQR/R/mcq_plot_peptide_modification.R => non fonctionnel refaire la preparation des données car baser sur ancien objet

creation fonction pour leminer les peptide presentant une divergence sur les rt entre label dans un meme msrun

ajout methode de test pour les object avec labeling et modification de la metode de test des fractino pour ajouter l'object protq.sds

priv_statistic_functions.R => correction fonction priv.mcq.compute.t.test.for => pas sur que ce soit bon encore